不同的人创建的链接价值差异极大
超链的一个假设是每个超链接都与其他的超链同样重要。由于超链创建动机、生成原因不易判断，目前的做法是将各种超链的价值等同对待。而实际上，一个经专家认真思考的链接与一个随意的链接价值不同；机构链与信息资源导航链在研究不同问题时有不同的价值；网站A对其合作网站B设置n个链接，与其他网站对网站B设置的n个链接价值不同。
以下是几种不同的链接行为模式：
第一种是直接链接到另一个网站的主页。这是一种常见的方式，尽管有时网站A只对网站B中的某一部分资源感兴趣。
第二种是网站或网页之间存在大量同质链接。研究者P设置对研究者Q研究成果的链接，他既可以设置对Q成果所在网页的链接，也可以对该网页中的N篇论文均设置链接，这使得链接中存在了大量同质链接，使理论上只应被计数为1的链接变为计数N。
第三种是网站之间的特殊关系链可能会导致计量的误差。网站A与网站B，当网站A是网站B的上级机构时，通常两网站会互相设链，但是，有时网站B为了使网站A的权威性“遗传”到自己网站上，会在自己网站的每一页上都设置到上级网站的链接；当网站A与网站B是合作关系时，两个网站会互相设链，如有一种情况两个合作网站，每个网页含有一个指向其合作机构的主页。这类情况破坏了超链的假设，即每个超链接都同样的重要。
第四种是网站为了提高其在搜索引擎中的排名，网站之间相互设链，这实际上是一种虚假链。这破坏了超链的另一个重要假设，即网站A对网站B设置超链，说明网站A对网站B的重要性投了赞成票。
应该说每一个链接的价值，都会有所不同。但是在判断上存在一定的难度。例如，搜索引擎要通过位置来判断出广告链接。但是目前，搜索引擎基本上已经能够很好的判断出友情链接的链接性质。
所以，高级SEO在设计网站的内部链接和外部链接结构时候，会巧妙的根据链接的重要性来依次安排链接位置。从而，可以让某些链接发挥更大的作用。
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